К наиболее актуальным проблемам Степашин отнес перекосы в распределении финансовых ресурсов. По его словам, федеральный центр сегодня аккумулирует большинство средств, собираемых в виде налогов. А это нарушает принцип бюджетного федерализма. По мнению главы Счетной палаты, сегодня чрезмерная централизация финансовых средств неоправданна, и субъекты федерации нуждаются в большей самостоятельности.
Сергей Степашин согласился с губернатором Дмитрием Аяцковым в необходимости разработки концепции и принятия федерального закона о финансовом контроле. Он помог бы упорядочить "количество и качество" проверок работы регионов федеральным центром.