Химические и микробиологические показатели качества воды в области превышают среднероссийские на 5% и 8%, соответственно. Хуже всех по качеству вода в Дергачевском, Краснокутском, Краснопартизанском, Перелюбском, Питерском, Федоровском, Озинском районах.
Одной из причин плохого качества воды является плохое состояние водопроводов. Удельный вес водопроводов, которые не отвечают основным гигиеническим нормам остается высоким - около 40%, в том числе из-за отсутствия зон санитарной охраны - 31%, из-за отсутствия комплекса очистки и обеззараживания - 15%. В Александровогайском районе из 2 открытых водоемов 1 не имеет очистных сооружений, в Дергачевском очистных сооружений не имеет 2 водоема, в Ершовском-1, Краснокутском - 2, Пугачевском-2, Балаковском-2.
Из крупных водопроводов не имеют очистных сооружений водопровод в Аркадаке, Кр.Куте, Горном, Новоузенске, Питерке, Мокроусе, Перелюбе, Дергачах. На 5 из них сейчас ведутся работы по строительству очистных сооружений.