В структуре подразделения предусмотрена работа трех отделов: отдел межнационального и государственно-конфессионального взаимодействия, отдел по взаимодействию с политическими партиями, общественными объединениями и мониторингу их деятельности, отдел правовой и кадровой работы.
На посту председателя преобразованного комитета остался Иван Брянцев.